Ja, das kann man.
Entweder kann man das in den Optionen der jeweiligen Programmen einstellen (klappt meistens), oder du gibst bei Ausführen (Start -> Ausführen) msconfig ein. Dann kannst du unter Systemstart auswählen, was beim System start gestartet werden soll.
Also Tuneup ist besser bei so was, weil manchmal (aber nur ganz selten wie ich festgestellt hab) findet Tuneup einen Eintrag der bei der Microsoft Configuration nicht gefunden wird. Aber mir reicht Microsoft Configuration völlig.
Bleib also lieber bei der msconfig weil denn hast du nicht die ganzen Prozesse von Tuneup mehr.
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